《水生態(tài)學(xué)雜志》創(chuàng)刊于1981年，由中華人民共和國水利部主管、水利部中國科學(xué)院水工程生態(tài)研究所主辦，主要報道與水生態(tài)系統(tǒng)及其生態(tài)過程相關(guān)的各學(xué)科原創(chuàng)性研究成果，刊載典型污染物的生態(tài)學(xué)效應(yīng)、水生態(tài)修復(fù)技術(shù)、水體富營養(yǎng)化防治、水景觀生態(tài)格局、水環(huán)境污染防治、生態(tài)毒理與生物監(jiān)測、水文水資源、生物多樣性保護(hù)、魚類生態(tài)學(xué)、生態(tài)漁業(yè)等方面的原創(chuàng)性科研論文和綜述，是水資源、水環(huán)境和水生態(tài)保護(hù)領(lǐng)域的學(xué)術(shù)平臺。

　　1981年，為總結(jié)交流水庫漁業(yè)生產(chǎn)技術(shù)經(jīng)驗(yàn)和科研成果，普及水庫漁業(yè)的科技知識，促進(jìn)全國水庫漁業(yè)工作的開展和水庫商品魚基地的建設(shè)，在一些知名專家學(xué)者的倡導(dǎo)下，當(dāng)時的水利部工程管理局和水利部工程管理中心(湖北省丹江口市)聯(lián)合創(chuàng)辦了技術(shù)性科技期刊《水庫漁業(yè)》。

　　1986年，在水利建設(shè)和水利綜合經(jīng)營深入發(fā)展中水利部門需要研究解決的漁業(yè)問題和需要擴(kuò)大的漁業(yè)生產(chǎn)領(lǐng)域越來越多，《水庫漁業(yè)》順應(yīng)形勢的變化，更名為《水利漁業(yè)》。

　　1994年，因主辦單位職能發(fā)生變化，為更有利于《水利漁業(yè)》的發(fā)展，雜志改由水利部中國科學(xué)院水工程生態(tài)研究所(原水利部中國科學(xué)院水庫漁業(yè)研究所)主辦，編輯部遷至武漢市。

　　2008年5月，水工程生態(tài)研究所為適應(yīng)國家建設(shè)生態(tài)文明的大政方針和水利部可持續(xù)發(fā)展水利政策的需要，經(jīng)報請水利部同意、國家新聞出版總署批準(zhǔn)，《水利漁業(yè)》更名為《水生態(tài)學(xué)雜志》，并由技術(shù)性科技期刊改為學(xué)術(shù)性科技期刊。