《同濟大學學報》的前身可追述到1918年。當時的同濟醫工專門學校在校長阮尚介的提議下編輯出版了學校的第一本學報《同濟》，為雙月刊，黃勝白任總編輯。《同濟》全冊分為三個部分：第一部分為內篇，"皆極新學術，所以供專家攻研者，其選材說理不厭高深";第二部分為外篇，"凡其所說，但求可行，不為高論"，供一般國民閱讀;第三部分為雜篇，包括記事、書信及新書介紹等。這本刊物出版后，被國內有關學者譽為"吾濟之理想雜志"。在這之后，學校又先后出版過《自覺月刊》、《同濟雜志》、《同濟醫學月刊》等多種學術性刊物。新中國成立后，同濟大學于1956年開始編輯出版《同濟大學學報》，為自然科學綜合性學術期刊，季刊，16開本，1966年被迫停刊，1978年復刊，1995年起改為雙月刊，1997年改名為《同濟大學學報(自然科學版)》，2001年起改為月刊。

　　自1956年至2020年底，本刊已出版發行了48卷共400余期，發表了學術論文1萬余篇。在這些論文中，不乏有學術大師的力作。如兩院院士李國豪先生生前曾多次在本刊發表論文，其中他在學報1994年第4期發表的學術論文至今仍被相關學術研究引用。由于學報所刊登的論文始終保持著較高的學術水平、創新性以及較強的應用價值，所以經常被國內外有關科技人員參考、引用和應用，為促進我國科研發展和學術交流做出了重要的貢獻。

　　本刊近年來通過不斷地改革發展與開拓創新，目前已成為一本在我國科學技術領域尤其是在土木工程等城市建設相關學科內頗具學術影響力的學術期刊，是中國自然科學核心期刊和中國科技論文統計源期刊之一，被美國《工程索引》(EI Compendex)及中國核心期刊(遴選)數據庫等40多種國內外重要檢索系統收錄。紙版發行方面，不僅在國內有大量的訂戶，而且通過中國國際書店向國外發行，并與德國、日本、美國等70余所大學建立有刊物交流關系。網絡發行方面，根據國內4個期刊全文網站及本刊網站的不完全統計，2020年全年網絡閱讀量超過300萬次，全年論文下載量50萬余次。

　　本刊2002年入選“中國期刊方陣雙百期刊”;2003年榮獲“第二屆國家期刊獎百種重點科技期刊”;2004年榮獲“教育部優秀科技期刊一等獎”;2005年榮獲“第三屆國家期刊獎百種重點科技期刊”;2006年被評為“首屆中國高校精品科技期刊”;2007年入選“第六屆中國百種杰出學術期刊”;2008年被評為“第二屆中國高校精品科技期刊”，入選“2008年中國300種精品科技期刊”;2009年榮獲“第四屆華東地區優秀期刊獎”;2010年被評為“第三屆中國高校精品科技期刊”，入選“2010年中國百種杰出學術期刊”;2011年入選“2011年中國百種杰出學術期刊”，入選“2011年中國300種精品科技期刊”;2012被評為“中國最具國際影響力學術期刊”，入選“2012年中國百種杰出學術期刊”，“第四屆中國高校精品科技期刊”，“中國科技論文在線優秀期刊”一等獎。2019年入選“中國科技期刊卓越計劃”。

　　《同濟大學報(自然科版)》多年來為學科建設和學術人才培養做出了重要貢獻，其總體水平和學術影響力始終保持在同類期刊前列，近年來論文 WEB 下載量年均保持在 50 萬次左右。 2018 年中國科學文獻計量評價研究中心報告顯示：在我國 429 種綜合性科學技術期刊中，影響力指數 CI ( 619.735 )排名第 4 ，影響因子 JIF ( 1.147 )排名第 15 ;在全球范圍遴選出的 148 種綜合性科技期刊中，世界學術期刊影響力指數 WAJCI ( 1.268 )排名第 57 ，位列 Q2 區。

　　《同濟大學學報(自然科學版)》誠邀國內外新老作者積極向本刊投稿，誠邀國內外專家學者為本刊審稿，誠邀國內外新老讀者瀏覽閱讀本刊，誠邀關心本刊的各界人士積極為本刊的進一步發展建言獻策。