本刊榮獲首屆“國(guó)家期刊獎(jiǎng)”；2001年入選為“中國(guó)期刊方陣”雙高期刊。2002年被評(píng)為第2屆“國(guó)家期刊獎(jiǎng)”百種重點(diǎn)科技期刊和第3屆“中國(guó)優(yōu)秀科技期刊獎(jiǎng)”；2002~2015連續(xù)14屆榮獲“百種中國(guó)杰出學(xué)術(shù)期刊”稱號(hào)；2008、2011、2014年連續(xù)三屆榮獲“中國(guó)精品科技期刊”稱號(hào)；2011年榮獲第2屆“中國(guó)出版政府獎(jiǎng)”期刊獎(jiǎng)提名獎(jiǎng)；2013年被國(guó)家新聞出版廣電總局推薦為“百?gòu)?qiáng)科技期刊”。
據(jù)中國(guó)科學(xué)技術(shù)信息研究所公布的核心期刊引文數(shù)據(jù)統(tǒng)計(jì)結(jié)果，2015年《藥學(xué)學(xué)報(bào)》影響因子：1.149，總被引頻次：3041。
本刊自1998～2005年來(lái)連續(xù)8年榮獲中國(guó)科協(xié)“擇優(yōu)支持基礎(chǔ)和高科技學(xué)術(shù)期刊”專項(xiàng)資助。2006~2015年榮獲中國(guó)科協(xié)精品科技期刊工程項(xiàng)目資助。